第1节. Metagenomics 概述¶
注解
Metagenomics 实验操作和数据分析主要包括2个方面：
- shotgun metagenomics
- 16s rRNA metagenomics
1. shotgun Metagenomics¶
我们在第1-3节介绍如何用软件处理 shotgun metagenomics 测序数据。
Metegenomics de novo assembly 中的几个难题：
- 重复序列
- 低覆盖度
- 测序错误
重复序列¶
重复序列是
低覆盖度¶
测序错误¶
2. 16s rRNA Metagenomics¶
16s rRNA 数据有偏向性：
- Degenerate primers Degenerate primers
- PCR Amplification
- Databases
- Does not capture viruses and eukaryotes
主要用于菌群分析。
用途：需要深度测序的数据，样本一般分为：宿主来源，如人或动物等；环境来源，如土壤或水体等。数据分析时，前者一定要考去除宿主缘DNA，后者要高度深度测序对后期拼接有较大帮助。
Methods Protocol:
- DNA isolation
- Library preparation
- Sequencing
- Data QC: FastQC, FastX_toolkit
- Reads assembly: IDBA-UD, Mira, Velvet/MetaVelvet, Spades
- Partipation: FCP，Phymm/PhymmBL, AMPHORA2, NBC, MEGAN, MG-RAST, CAMERA, IMG/M
- Analysis: MetaPhAln, PhyloSift/pplacer