第3节. 注释拼接基因组

基因组草图获得后，对其进行注释。

1. Prokka

1.1 安装 Prokka

安装 Bioperl

~$ sudo apt-get install cpanminus
~$ cpanm Bio::Perl XML::Simple

安装 rRNA predictor

这里选择Barrnap

~/tmp$ wget http://www.vicbioinformatics.com/barrnap-0.5.tar.gz
~/tmp$ tar zxvf barrnap-0.5.tar.gz -C ~/app/
~/tmp$ echo "export PATH=$PATH:$HOME/app/barrnap-0.5/bin" >> ~/.bashrc
~/tmp$ source ~/.bashrc

安装 prokka

~/tmp$ wget http://www.vicbioinformatics.com/prokka-1.11.tar.gz
~/tmp$ tar zxvf prokka-1.11.tar.gz -C ~/app
~/tmp$ echo "export PATH=$PATH:$HOME/app/prokka-1.11/bin" >> ~/.bashrc
~/tmp$ source ~/.bashrc
~/tmp$ prokka --setupdb

1.2 注释基因组

~/data$ prokka genome_contig.fasta

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2. PGAAP

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174280/

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3. RAST

Reference:

1. 2.