Mauve

1. 安装

2. 结果

• .alignment 文件是 mauve 将基因组比对后产生的xmfa格式的比对文件，支持xmfa的软件都可以查看或者进一步分析。
• .mauve 文件是 mauve 的共线性比对结果，只储存大片段比对情况，节约磁盘空间。具体的序列比对结果可以看.alignment 文件
• .island 文件是 mauve 比对后认为可能的一些基因岛，比如一些基因组携带但是部分基因组确实的片段序列，对于mauve里定义的岛，可以根据参数修改获得不同的“岛”
• .backbone 文件顾名思义，是mauve比对多个基因组序列后，生成的共有保守区序列起始和终止位置信息。每一行都是一个backbone区域，里面是该区域每个基因组的起始与终止区位置，有几个参比基因组就有多少个位置信息。
• guide tree 文件是 mauve生成的newick格式的模拟拓扑树文件。
• 其他有用的文件，还有snp文件，包含各个单核苷酸图突变及其位置信息；orthologs文件则将基因组的注释基因的orthologs信息提取保留；LCB文件则记录各个基因组共线性分析出来的区块边界信息。